Sekolah ini terpaksa ditutup pada tahun 1942 hingga 1945 oleh kerana kecetusan Peperangan Dunia Kedua. Suatu peristiwa yang rintih dan menjadi peringatan kepada kita ialah dalam masa Peperangan Dunia Kedua itu, sebahagian dari bangunan lama sekolah telah dimusnahkan oleh tentera udara Jepun.
Selepas Peperangan Dunia Kedua, usaha membina sekolah terus dilaksanakan memandangkan penambahan bilangan murid kian hari kian banyak.Sekeping tanah yang berhampiran dengan sekolah ini telah disumbangkan oleh Encik FOO SOO LUAN untuk tujuan membina bilik darjah. Sebanyak 12 buah bilik darjah telah siap dibina di antara tahun 1953 dengan 1957
Pada tahun 1971 hingga 1973, di bawah pimpinan En. Long Siong Him, 16 buah bilik darjah telah dibina termasuk bilik pejabat guru dan guru besar supaya murid-murid boleh menerima pendidikan mereka dalam satu sesi sahaja.
Pada tahun 1976, dengan usaha dan kerjasama Pejabat Kesihatan Tampin dan Alor Gajah, LPS, dan PIBG sekolah, sebuah klinik pergigian telah dibina.
Pada tahun 1978, LPS di bawah pimpinan Dato Ng Kim Fong dapat menambahkan sebuah bangunan baru dua tingkat yang mengandungi sebuah perpustakaan dan 12 buah bilik darjah untuk menggantikan bilik darjah yang usang itu.
Pada tahun 1983, dengan usaha dan kegigihan LPS, PIBG, bekas murid tua dan masyarakat tempatan, sebuah gelanggang bola keranjang berbumbung telah dibina untuk memberi kemudahan kepada palajar-pelajar bersenam dan masyarakat tempatan menggunakannya untuk menjalankan aktiviti-aktiviti sosial.
Pada tahun 1997, satu blok bangunan baru tiga tingkat mengandungi 15 buah bilik darjah dan sebuah tandas baru dibina untuk menggantikan bangunan yang lama yang dibina pada tahun 1953 kerana bangunan itu dirosakkan anai-anai. Bangunan tiga tingkat itu dirasmikan oleh Timbalan Menteri Pendidikan Y.B. Dato Fong Chan Onn pada 14 November 1998 semasa meraikan hari ulang tahun ke-70 sekolah ini.
Untuk memberi peluang kepada pelajar-pelajar belajar komputer, sebuah kelas komputer diwujudkan dengan kerjasama dan usaha LPS, PIBG serta Syarikat Edutech pada September tahun 1997. Kementerian dan Jabatan Pendidikan, LPS, PIBG, Persatuan Bekas Murid serta orang ramai telah banyak membantu dan menyumbang dalam usaha meningkatkan infrastruktur dan kemudahan sekolah ini.Walaupun masih terdapat banyak aspek kemajuan perlu dilaksanakan untuk menjadikan sekolah ini lebih sempurna. Kini, SJK(C) Pay Chee boleh dikatakan mempunyai suatu alam sekitar dan suasana yang sesuai untuk anak-anak masyarakat pekan Pulau Sebang untuk menerima pendidikan yang sempurna.